Solução:
Tente descobrir se este é um problema de inodes com:
df -ih
Tente encontrar pastas raiz com grande contagem de inodes:
for i in /*; do echo $i; find $i |wc -l; done
Tente encontrar pastas específicas:
for i in /src/*; do echo $i; find $i |wc -l; done
Se forem cabeçalhos linux, tente remover o mais antigo com:
sudo apt-get autoremove linux-headers-3.13.0-24
Pessoalmente, movi-os para uma pasta montada (porque para mim o último comando falhou) e instalei o mais recente com:
sudo apt-get autoremove -f
Isso resolve o problema.